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防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
准备工作椴木选伐壳斗科树种较理想，特别是青冈属、栎属种为好，有实践证明供灵芝栽培的树种约77种，一般来说凡是适于香菇、木耳栽培的树种，也能用于灵芝菌椴木栽培。要求树皮厚实、形成层发达，不易与木质部剥离；木材容重比较大，材质较硬实；汉中一般在11月下旬至1月中旬份采伐椴木，树木直径要求6—20cm,直径过大者，可辟材做料，亩备材约25—30to接种时间汉中接种时间一般安排在12月下旬至元月中旬，这段汉中气温低、少雨、空气干燥，感染率低，接种成活率高，为理想。4月初气温稳定在20T以上，可埋菌棒使灵芝原基慢慢生长，经过半月时间发菌，菌丝积累养分多，为子实体正常生长提供了营养供应，年内可收获1—2潮灵芝。菌种准备汉中目前主要品种为赤芝1号，盖大、肉厚、色泽亮，感染率低，产量高，较为理想。亩备种为2000kg。
灭菌彻底灭菌仓内叠放料袋时要堆叠合理，纵向每4排料袋约宽60cm作为一行，行与行之间要留有空隙，以使蒸汽均匀循环。用旺火烧到罩膜鼓起时，排出冷空气，当罩膜内温度达到100P时，连续保持24~30h，才可以停火降温;注意加温过程中要适时加水，保持水在规定的水位范围内，加水过程中要保证罩膜内温度不下降。灭菌时，防止灭菌罩膜漏气，要注意蒸汽炉的蒸汽发生量与灭菌物数量相匹配，灭菌袋数增加，应相应延长灭菌时间。接种时防止料温太高料温太高，超过38t，易烧死菌种，好是在灭菌后的料袋还有余温（32~35t）时接种。提供适宜的培菌环境在培养室或塑料薄膜大棚内暗光培养，好保持七分阴三分阳，以利菌丝生长。鼠害。发菌阶段，要定期检查、翻堆、通风，严防料温上升到32t以上而出现“烧菌”现象；发菌期间培养室（棚）内温度低于20t,可用火加温，每天中午通风1~2h。菌丝爬满木段后，再在弱光环境中培养20d以上，促使菌丝老化，培菌时间需2~3个
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